基于高通量测序技术评估细菌可培养性
环境中绝大多数细菌尚未被经典的微生物分离实验所分离培养,一般认为主要原因是实验室条件无法完全构建特定细菌所存在的环境中生长所需的某些关键因素.此外,由于某些微生物生长速度慢导致在分离过程中易被忽略.本研究采取刮取平板上所有微生物进行菌种检测的思路,对一个EBPR(Enhanced Biological Phosphorus Removal)样品进行平板分离实验,然后提取总DNA,对细菌16S rRNA基因V4区进行高通量测序,基于文献界定不同分类阶元的16SrRNA基因相似度对平板存在的新种微生物进行评估.结果表明,在48个平板上共检测出889个分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),其中共有177个新种(与所有可培养菌株97％相似度以下),包括1个新纲、9个新目、17个新科、59个新属和91个新种.在至少3个平板上出现的高频度新种95种,为1个新纲、5个新目、3个新科、30个新属和56个新种.另外,对平板上生长的部分细菌进行挑菌分离,根据16S rRNA基因序列相似度并通过构建系统发育树,分别得到新属,新科,新目水平的各1株纯培养菌株.本研究暗示,常规平板分离过程可能存在大量被人为忽略的新种菌落,可能是由于其生长缓慢和菌落较小等原因所导致.
细菌 可培养性 高通量测序 基因相似度 系统发育树
廖丽花 郑伟 郭峰
厦门大学生命科学学院微生物生理生态实验室 厦门361102
国内会议
杭州
中文
226-226
2017-11-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）