银杏叶片长链非编码RNA的预测和分析
LncRNA是指转录本长度大于200 nt的RNA分子,在多种层面上通过目标模仿、转录干扰、甲基化等机制调控基因的表达,从而在植物生长发育、生殖发育、胁迫响应等方面发挥重要作用,现已成为新的研究热点.然而,由于大多数树木缺乏全基因组信息,一定程度上限制了lncRNA研究.本研究利用链特异性方式构建银杏叶片cDNA文库,组装出77 297 291条高质量的转录本参考序列,并基于银杏转录组数据,采用严格的lncRNA筛选流程及鉴定方法,在银杏不同发育阶段的叶片中共预测得到28 687条lncRNA,这些lncRNA的表达量普遍较低,平均值为2,长度在200～2 300 bp范围内.利用LncTar软件对lncRNA进行靶基因预测,检测到4 930条lneRNA具有4 406条靶基因.根据靶基因GO等注释,筛选到一些lncRNA参与到光合作用、代谢作用、激素合成、次生代谢和植物生长发育相关过程.此外,基于前期银杏叶片miRNA数据集(未公开),我们还预测到12个可能作为miRNA内源伪靶基因起作用的lncRNA.进一步通过亚克隆实验验证了10个(10/12) lncRNA序列与公司数据完全匹配,其余两个(2/12) lncRNA有少于3个碱基错配,表明测序组装及lncRNA预测结果的准确性.进一步构建了银杏叶片中miRNA,lncRNA和mRNA的调控网络,并利用荧光定量PCR分析不同发育时期叶片、不同组织以及不同树龄叶片的lncRNA表达差异,结果显示lncRNA具有较强的组织特异性和时空表达特异性.上述研究结果为无参考基因组植物中预测和分析lncRNA提供了借鉴,也为银杏叶片发育研究提供了分子生物学依据.
银杏叶片 长链非编码RNA测序 基因表达 基因预测
夏笑 路兆庚 王莉
扬州大学园艺与植物保护学院,扬州225009
国内会议
江苏邳州
中文
45-64
2017-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）