一个高拷贝的MITE家族(PhMITE1)在毛竹基因组中的分布、进化以及功能分析
本研究通过MITE Digger软件在毛竹基因组中鉴定一个高拷贝的MITE家族，共有22252个拷贝，其末端反向重复序列长度为32bp，靶位点重复序列序列为TAT，与己报到的MITEs家族均没有同源性，故命名为PhMITE1。分析了Ph MITE1插入位点，尸MITE1偏好插入到距离基因较远位点，将Ph MITE1家族的插入位点的侧翼lOObp序列做比对分析，发现这上下游序列具有反向互补的特征。插入时间分析表明尸MITE1家族在300万-190万年前之间有一个扩增高峰，目前仍有零星插入事件的发生。在Ph MITE1家族众多拷贝中，有628个拷贝与己报道的17种miRNA完美匹配(100％match)。表明P MITE1家族可能通过编码miRNAs，调控宿主基因和自身拷贝的转录。有298个拷贝分布在基因组启动子区，通过PCR发现它们具有插入多态性（图3），表明PhMITE1家族也可能作为顺式调控通过自身转座来调控宿主基因表达，是毛竹基因表达调控网络重要组成部分。
毛竹 反向重复序列转座元件 分布规律 遗传进化 基因功能
胡冰杰 徐川梅 周明兵
浙江农林大学林业与生物技术学院亚热带森林培育国家重点实验室培育基地,浙江临安 311300
国内会议
四川青神
中文
121-122
2016-10-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）