烟草叶际细菌区系检测探针的设计及优化

摘要：

为了快速准确地检测烟草叶面的细菌种群,本研究利用基因芯片技术,采集中国主要烟区主栽品种旺长期叶际微生物进行宏基因组测序,结合生物信息学分析方法,筛选用以检测其中细菌种属特异性的探针.宏基因组数据分析表明,烟草叶面的宏基因组整体质量值较高,Q20、Q30分别占总碱基数99.2％、81.4％,测序长度为100bp,碱基分布均匀,所获得测序数据可用于后续探针设计.Blast比对结果表明共筛选出候选探针200条,属于9种细菌属,其中属于假单胞菌属的探针有165条.该结果为基因芯片技术应用于烟草叶面的细菌种群的检测提供了坚实的基础.

关键词： 烟草 叶际细菌 基因组测序 探针

作者: 赵敏 徐宸 贾凌 程廷才 汪长国 戴亚 夏庆友

作者单位: 重庆烟草科学研究所,重庆市北碚区天生路2号 400715 家蚕基因组生物学国家重点实验室,重庆市北碚区天生路2号 400715 重庆中烟工业有限责任公司技术中心,重庆市南岸区南坪东路2号 400060

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国烟草学会2016年学术年会

会议地点: 北京

会议语种:中文

页码: 1-16

在线出版日期: 2016-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）