基于RNA-Seq技术的高牛鞭草与扁穗牛鞭草转录组de novo拼接及SSR分子标记的开发与利用
目的：本研究旨在挖掘牛鞭草基因资源,丰富其基因组信息. 方法：本研究采用Illumina HiSeqTM2500高通量测序技术对高牛鞭草和扁穗牛鞭草材料的叶片或根系4个样本(T01、T02、T03和T04)进行转录组测序. 结果：每个RNA样本获得了超过2400万条高质量reads.经过de novo组装后,”雅安”和”1110”材料分别获得了137142条和77150条unigenes,其中86731条unigenes(63.24％)和48645条unigenes(63.05％)被成功地注释功能.合并两个材料的unigenes后进行SSR位点检测,从8330个unigenes中,共检测得到10888个SSR位点.为了验证识别到的SSR位点,为此设计了高质量的SSR引物.从中随机选取了54对SSR引物进行验证,发现大多数这些引物能成功地扩增出期望的PCR产物. 结论：本研究两个材料获得的序列数据极大地丰富了牛鞭草可利用的基因组资源,并开发的SSR标记将进一步促进牛鞭草属植物在遗传育种和分子标记辅助选择等方面的研究进展.
饲料作物 牛鞭草属 基因组资源 denovo组装 SSR分子标记
黄秀 严海东 张新全 张健 Taylor P.Frazier 黄德均 陆路 黄琳凯 刘伟 彭燕 马啸 闫艳红
四川农业大学动物科技学院草业科学系,成都 611130 重庆市畜牧科学院草食牲畜研究所,重庆 404100 弗吉尼亚理工大学园艺系,弗吉尼亚 24061 西班牙巴塞罗那自治大学生命科学学院生物化学与分子生物学系,巴塞罗那 08193
国内会议
重庆
中文
42-50
2016-05-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）