新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC流行毒株gag基因遗传特性

摘要：

目的：分析新疆地区HIV-1感染者中流行的单一亚型CRF07_BC毒株的gag基因遗传特性. 方法：对56例CRF07_BC亚型的HIV-1病毒感染者分别于2011年9月(TI时间点),2012年5月(T2时间点),2013年2月(T3时间点),2013年10月(T4时间点)四个时间点采集标本,抽提标本RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,最终将35例标本的序列(获得2次及2次以上的序列)进入基因离散率和进化树分析,并使用BEAST(Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees)软件估算该地区CRF07_BC流行毒株的最近共同祖先株形成时间和平均进化速率. 结果：35例毒株在T1时间点、T2时间点、T3时间点、T4时间点的组内基因离散率分别为0.043±0.003、0.047±0.004、0.048士0.004、0.054±0.004;进化树分析显示同一样本的几次序列在进化上聚集成一簇,大部分毒株均呈现出在T4时间点上独立分歧出一支;其最近共同祖先株形成时间tMRCA为10.9年(95％HPD2,22.24),平均进化速率为1.34×10-3(95％HPD5.16×10-4,2.23×10-3)替换/位点/年. 结论：新疆地区HIV-1感染者CRF07_BC亚型毒株会随着在一个地区流行时间的延长,而加大该地区同一亚型内的离散率;CRF07_BC单一亚型内病毒株的gag基因进化速率相对文献报道的略慢,根据HIV-1的进化速率与其传播率呈负相关关系,提示CRF07_BC亚型gag基因略低速的进化速率与新疆地区流行单一亚型CRF07BC毒株有重要的关系.

关键词： 艾滋病 CRF07_BC毒株 gag基因 遗传特性

作者: 周素娟 米吉提·买买提 常峪文 艾尼 马红霞 王昌敏 高眉扬 何纳

作者单位: 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室,上海200032 新疆维吾尔自治区人民医院体检中心,乌鲁木齐830001 乌鲁木齐市水磨沟区人民医院,乌鲁木齐830002 新疆伊宁市人民医院,伊宁市835000

会议类型: 国内会议

会议名称: 2015慢性病健康管理高峰论坛暨新疆医学会健康管理学专业委员会健康管理学术年会

会议地点: 乌鲁木齐

会议语种:中文

页码: 587-593

在线出版日期: 2015-08-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）