玉米大斑病菌菌丝体转录组分析
玉米大斑病(northern corn leaf blight)作为一种重要的真菌性病害,对玉米的生产造成了严重的经济损失.目前研究发现,由G蛋白介导的cAMP、MAPK以及Ca2+信号转导途径对于植物病原真菌的生长、发育以及致病性等多方面发挥着重要的调控作用.PP2A是生物体内主要的Ser/Thr蛋白磷酸酶,位于信号转导通路的下游,并与多种蛋白激酶相互配合,通过磷酸化和去磷酸化的方式参与调节多条信号转导通路.为进一步明确玉米大斑病菌的作用机制,对大斑刚毛座腔菌野生型菌株进行了转录组测序分析.共得到了11 410 315对reads,总碱基数为2 281 618 354.GC含量为55.59％,质量值大于或等于30的碱基所占的百分比为87.96％.转录组数据与参考数据比对其比对效率为85.40％.使用SAMtools软件识别测序样品与参考基因组间的单碱基错配,查找基因区潜在的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点.SNP位点总数为2 813,基因区的SNP位点总数为1 516,基因间区SNP位点总数为1 297,转换类型的SNP位点数目在总SNP位点数目中所占的百分比为76.29％.使用Cuff links软件,与基因原有的剪接模型进行比较,进行新可变剪接事件(alternative splicing events)预测.外显子跳跃事件数目为62,内含子保留事件数目为1 470,5”端可变剪接事件数目为55,3”端可变剪接事件数目为70.使用Cuff links软件对Mapped Reads进行拼接,并与原有的基因组注释信息进行比较,共发觉589个新基因,使用BLAST软件将发掘的新基因与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG数据库进行序列比对,获得了新基因的注释信息.
于波 李贞杨 申坤 刘宁 郝志敏 董金皋
河北农业大学真菌毒素与植物分子病理学实验室,保定071000
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84-84
2015-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）