鸢尾重花叶病毒全基因组序列分析
鸢尾是多年生的草本植物,既是观赏花卉又可以作为香料和药物的原材料.和其他多年生植物一样,鸢尾也容易被病毒侵染,比如鸢尾轻花叶病毒(Iris mild mosaic virus,IMMV),菜豆黄花叶病毒(Bean yellow mosaic virus,BYMV),水仙潜隐病毒(Narcissus latent virus,NLV),芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV),虎眼万年青花叶病毒(Ornithogalum mosaic virus,OrMV)和鸢尾重花叶病毒(Iris severe mosaic virus,ISMV).ISMV是马铃薯Y病毒属成员,其部分基因组序列已经被克隆,但是还没有关于该病毒全基因组序列及基因组特征的报道.2013年8月份,北京地区的鸢尾表现出花叶,坏死等病毒病害的症状.为明确引起该病害的病原,我们采用小RNA高通量测序技术对发病叶片样品进行鉴定.利用Velvet和PFOR组装出784条contigs,其长度分布在33～1 227 bp.通过BLAST比对分析对具有部分序列重叠的contigs进行重新组装,最终组装出12条contigs.BLASTx比对分析表明这些contigs与马铃薯Y病毒属成员编码蛋白的相似度较高,其中CP部分与NCBI上公布序列相似度达97％,确定该病原为鸢尾重花叶病毒.设计特异性引物对缺失部分序列进行扩增,并最终组装出ISMV的全基因组序列.序列分析表明ISMV全长有10 403个碱基组成(去除poly(A)序列),其5”端和3”端非编码区的长度分别为123 bp和329 bp,编码一个3 316个氨基酸的多聚蛋白.大部分蛋白的剪切位点在马铃薯Y病毒属中都比较保守,但是在NIb和CP处比较独特,为E/G.一些保守的氨基酸基序比如P1蛋白的352 H-8X-D-33X-S3951 506,CI蛋白的G-A-V-G-S-G-K-S-T1514和1526 V-L-L-I-E-P-T-R-p-L1535,NIa蛋白的2350 H-34X-D-67X-G-X-C-G-14X-H2471,NIb蛋白的794 C-D-A-D-G-S2 799 and 2 859 S-G-3X-T-3X-N-T-30X-G--D-D2902等在ISMV中均存在.CP中与蚜虫传播相关的D-A-G模体在ISMV中突变为T-A-G,HC-Pro中与蚜虫传播相关的K-I-T-C突变为499 K-I-G-C502.根据NCBI上公布的其他马铃薯Y病毒属成员的多聚蛋白序列,利用MEGA软件构建进化树,结果发现ISMV与洋葱黄矮病毒,水仙潜隐病毒,胡葱黄条病毒和Cyrtanthus elatus virus A构成一组,表明ISMV与这些病毒亲缘关系较近,是马铃薯Y病毒属的新成员.
李永强 尚巧霞 任争光 赵晓燕 魏艳敏 刘正坪
北京农学院植物保护系,北京102206
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109-109
2015-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）