Xanthomonas campestris pv.raphani 756C中Ⅵ型分泌蛋白生物信息学分析
病原细菌与植物相互作用过程中,病原细菌为了更好地侵染植物,可通过分泌系统将分泌蛋白输入到寄主组织中,这些分泌蛋白可作为效应分子来与植物中的防卫反应相关分子发生作用,从而得以在植物中实现定殖、扩展等过程.目前,在细菌中已经发现有7种分泌系统,包括工型分泌系统(Type Ⅰ secretion system,T1SS)到Ⅶ型分泌系统(Type Ⅶ secretion system,T7SS).不同学者对植物细菌T1SS、Ⅱ型分泌系统,耶尔森菌(Yersinia)、绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)、志贺菌(Shigella)的Ⅲ型分泌系统,以及对Ⅳ型分泌系统、V型分泌系统从其结构、功能、调控等方面进行了大量研究.Ⅵ型分泌系统(Type Ⅵ secretion system,T6SS)是2006年在人类致病细菌——霍乱弧菌(Vibrio cholerae)中发现的一种新的分泌系统,广泛存在于革兰氏阴性细菌中.国内外学者从分泌系统结构、生物学功能与调控等方面对植物细菌T6SS进行了大量研究,已经初步明确植物青枯菌(Ralstonia solanacearum)、伤寒沙门菌(Salmonella enterica serovar Typhi)等革兰氏阴性细菌T6SS基因的功能.根据T6SS各组分所具有的功能,可将其分为结构蛋白、形成跨膜通道结构的转位蛋白、分泌蛋白以及对分泌系统起辅助作用的蛋白等,然而对于分泌蛋白在致病细菌的生理、致病等过程中所具有的功能尚不清楚.同样,对于可以引起茄科蔬菜和十字花科蔬菜叶斑病、给全世界的经济产生重大损失的黄单胞菌(Xanthomonas campestris pv.raphani 756C,Xcr) T6SS蛋白功能的研究也鲜有报道.本研究通过对已完成基因组测序和蛋白功能注释的Xcr进行Ⅵ型分泌蛋白(Type six secretion protein,Tss)的搜索,通过保守结构域分析、疏水性分析、理化性质分析、二级结构和三级结构预测、信号肽分析以及跨膜结构域分析、亚细胞定位、motif分析等生物信息学方法,以期明确该菌中Tss的理化性质、保守结构域特征以及亚细胞定位情况等,同时,基于上述发现的Tss氨基酸序列,在美国国家生物信息中心(NCBI)进行Blastp同源序列搜索,通过遗传关系分析,以期为进一步开展同属于黄单胞菌属但其基因组序列尚未公布的核桃细菌性黑斑病菌的研究提供重要的理论指导.
Xanthomonas campestris pv.raphani 756C Ⅵ型分泌系统 Ⅵ型分泌蛋白 黄单胞菌属
韩长志
西南林业大学林学院,云南省森林灾害预警与控制重点实验室,昆明650224
国内会议
泰安
中文
129-129
2015-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）