基于16S rRNA基因序列分析的物种辅助分类研究与实现

摘要：

在当前的微生物领域,基于16S rRNA基因序列的分析仍然是一个重要方法,其不仅用于研究微生物多样性,而且也用于探索原核生物分类与鉴定.在本研究中,构建了一个参考数据集,该参考数据集包含所有原核微生物中属于被有效发表的种名的标准菌株的16S rRNA基因序列和对这些种名的系统分类.基于此参考数据集,开发了一个微生物快速分类工具,该工具通过把未知原核微生物的16S rRNA基因序列和数据集中的16S rRNA基因序列做序列比对及参考分类单元等级间的距离阈值来快速的定位该未知微生物所属的最有可能的分类单元,最后通过做多序列比对及系统演化树来供科研人员辅助参考.

关键词： 微生物 分类学 核糖核酸 基因序列

作者: 任清福 孙清岚 马俊才

作者单位: 中国科学院计算机网络信息中心,北京 100080;中国科学院大学,北京 100049 中国科学院微生物研究所,北京 100101 中国科学院计算机网络信息中心,北京 100080;中国科学院微生物研究所,北京 100101

会议类型: 国内会议

会议名称: 第五届中国科学院超级计算机应用大会

会议地点: 广州

会议语种:中文

页码: 48-57

在线出版日期: 2015-10-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）