羽衣甘蓝紫叶基因BoPr的遗传及精细定位
羽衣甘蓝(Brassica oleraceaL.var.acephala)叶片色彩变异丰富,抗寒性好,具有较高的观赏价值.本研究中以白色自交材料W1827(P1)和紫色自交材料P1835(P2)为亲本构建了F2群体和BC1群体,对分离群体的叶色进行调查,遗传分析表明紫叶对白叶为单基因显性遗传,将该基因命名为BoPr.根据双亲重测序数据,以甘蓝02-12基因组为参考序列开发引物,将该基因初定位在C09染色体上280kb的物理区域内,两侧的标记M17和BoID4714的遗传距离分别是2.0cM、4.5cM.由于该区段的物理距离只有280kb,但交换率为6.5cM,比基因组的正常水平高了接近12倍,推测可能是02-12参考基因组在这个物理区域内存在组装错误.因此根据另外一个甘蓝参考基因组TO1000设计引物进一步定位,获得了紫叶基因侧翼最近的标记BRID485和BRID490,遗传距离分别为0.1cM和0.2cM.根据侧翼标记在TO1000参考基因组的位置信息,精细定位区间的物理间距是44.8kb.进一步分析发现该44.8kb区间位于02-12一个未锚定的scaffold上,验证了在该区段内02-12基因组的组装存在错误.本研究为羽衣甘蓝紫叶基因的克隆以及揭示紫叶形成的分子机制打下基础,也为02-12参考基因组序列版本的升级提供依据.
羽衣甘蓝 紫叶基因 遗传标记 基因组定位
刘小萍 方智远 杨丽梅 刘玉梅 庄木 吕红豪 李占省 张扬勇
中国农业科学院蔬菜花卉研究所,北京100081
国内会议
广州
中文
193-198
2016-12-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）