利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性

摘要：

本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数,以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量.研究以1059头出生于2008至2012年的西门塔尔牛为研究群体,利用Illumina770k SNP芯片,根据最小等位基因频率(MAF)区间,分别选择100、500、1000、1500、2000、2500和3000个SNPs用于个体间亲缘关系系数的估计.结果显示,随着标记数目的增多,估计的亲缘关系系数准确性逐渐增加.且当SNP标记数目达到2500时估计的亲缘关系系数与利用所有标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著,二者相关系数达到0.89以上.然而,目前利用全基因组高密度SNP芯片进行个体间亲缘关系系数计算的研究在国内尚处于初级阶段,本研究则为基于SNP标记信息估计亲缘关系系数的进一步研究提供了理论基础,同时为西门塔尔牛群体个体间亲缘关系的研究提供依据.

关键词： 牛 亲缘关系系数 单核苷酸多态性 最小等位基因频率

作者: 张静静 高会江 吴洋 朱波 齐欣 高雪 张路培 陈燕

作者单位: 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,100193

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国畜牧兽医学会养牛学分会第八届全国会员代表大会暨2015年学术研讨会

会议地点: 北京

会议语种:中文

页码: 249-252

在线出版日期: 2015-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）