鸡传染性支气管炎病毒HH06株全基因序列测定分析
鸡传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitisvirus,IBV)引起的一种高度接触性、急性呼吸道传染病.目前该病在全世界传播流行广泛,给养禽业造成严重的经济损失.由于该病毒频繁出现基因的突变和重组现象,导致很多不同基因型和血清型毒株的出现,而且这些毒株间的交叉保护性较低,甚至不存在交叉保护性,因此分析IBV基因组的结构特点有助于对传染性支气管炎进行防控.本研究以IBV SC021202株作为参考毒株设计了20对引物,利用RT-PCR法对IBV HH06株的内部基因组序列进行分段扩增,同时利用RACE Kit试剂盒对基因组的非编码区5”UTR和3”UTR进行扩增,对扩增得到的所有片段进行克隆及序列测定.将测序结果进行拼接，并且利用DNAStar软件和MEGA5.0软件对其全进组及各个基因序列进行生物信息学分析。结果显示IBV HH06株全基因组由27663个核苷酸组成，具有典型IBV基因序列特征，含有10个完整的开放阅读框：5’-1a-1b-S-3a-3b-E-M-5a-5b-N-3’。对不同毒株的全基因组及各个基因的序列大小进行比较，发现各毒株间3a、3b、5a、5b和N基因长度最保守，序列大小一致；5’UTR、3b、E和M基因进化相对较保守，序列大小差异较小；基因的缺失和插入主要发生在1a、1b、S基因和3’UTR区域。同源性分析比对结果显示，HH06株与其它毒株全基因组的核苷酸同源性在84.5％-96.1%之间，其中与SC021202株同源性最高，而与BJ株同源性最低；各个基因同源性比较中5’-UTR、ORF1b、E、M、5a、5b和N基因同源性相对较高可达80%-99%。全基因组及各个基因序列的系统进化树分析显示，在所有系统进化树中HH06株始终与SC021202株具有较近的亲缘关系，而与Mass型毒株亲缘关系较远。
鸡传染性支气管炎病毒 全基因序列 生物信息学
白妍 杜威威 赵蕾 黄小丹 杨贵君 李广兴
东北农业大学 哈尔滨 150030
国内会议
中国畜牧兽医学会兽医病理学分会第二十一次学术研讨会暨中国病理生理学会动物病理生理学专业委员会第二十次学术研讨会
太原
中文
48-48
2015-07-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）