茉莉酸诱导的与番茄根结线虫病相关的小RNA分析
小RNA为一类非编码RNA分子,在转录水平、转录后水平和翻译水平调控植物的生长发育、生物胁迫和非生物胁迫.以番茄野生型(WT),茉莉酸缺失突变体(spr2)为材料进行高通量测序,并通过生物信息学来分析根结线虫诱导的小RNA.通过与miRBase16.0中番茄已知miRNA比对,得到保守miRNA29个(WT)和26个(spr2).通过与miRBase16.0中所有物种的miRNA比对,得到WT和spr2差异表达的miRNA50个.根据miRNA前体的标志性发夹结构,预测得到新的有靶基因的miRNA45个(WT)和52个(spr2).实验也鉴定出几十万个siRNA和其他类型的小RNA.野生型和突变体中小RNA的差异性表达说明,小RNA在参与番茄对根结线虫胁迫反应中的功能差异.GO分析表明这些miRNA靶基因参与各种生物胁迫和非生物胁迫,包括与线虫的互作反应.
番茄 根结线虫病 小RNA 差异性表达
陈华 昌伟 王绍辉
北京农学院,北京100193
国内会议
南京
中文
59-64
2012-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）