南方根结线虫分泌组生物信息学初步分析
在我国根结线虫的危害中,以南方根结线虫(Meloidogyne incognita)分布最广泛、危害最严重.分泌寄生性蛋白在根结线虫致病过程中起着关键作用,相关研究表明线虫分泌蛋白通过模拟植物的蛋白质,以达到寄生目的.了解根结线虫致病过程所分泌的蛋白质和效应子的功能已成为植物线虫研究热点.南方根结线虫基因组测序完成和生物信息学的不断发展,为根结线虫效应子研究提供了有利条件.从Genbank下载得到全部南方根结线虫基因组9538个contig，使用软件Genscan对其进行预测，所得编码蛋白质序列(protein-coding sequence)为17345个；然后通过Signal P3.0和TMHMM等软件分析信号肽和跨膜区，得到推测的分泌蛋白为4173个。将自主预测得到的蛋白质利用BLASTp与相关研究中预测的蛋白质(来源于Meloidogyne incognita genome dataand tools，2009)进行对比，其中同源性较高的蛋白质2342个；再将其与南方根结线虫的EST数据库进行比对，其中同源性较高的有495个，这些蛋白可以作为南方根结线虫候选分泌蛋白。下一步将采用RNAi等技术手段明确它们的确切功能，以便最终阐明南方根结线虫的致病机理。
植物虫害 南方根结线虫 分泌蛋白 效应子 生物信息学
谢家廉 毕成鹏 肖炎农
华中农业大学植物科技学院湖北省作物病害监测与安全控制重点实验室,湖北武汉430070
国内会议
北京
中文
182-182
2010-08-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）