基于并行群体模拟退火算法的蛋白质折叠研究

摘要：

蛋白质折叠研究对于揭示蛋白结构和功能关系,进而了解相关疾病的致病机理意义重大.蛋白质折叠已被证明是NP-完全问题.本文针对蛋白质折叠研究中的能量最小化问题,提出了一种新的并行群体模拟退火算法(Parallel Group Simulated Annealing,PGSA)及其改进型算法(PGSA_1/K).该算法使用了降温因子加速收敛精度,并采用MPI消息传递并行编程技术加快蛋白质结构空间搜索以及能量最小化寻找速度.以Met_Enkephalin蛋白为对象的计算机模拟仿真结果表明,提出的算法及其改进型有很好的扩展性,可以高效搜索蛋白结构空间,从而找到相关蛋白的最小能量结构.

关键词： 蛋白质折叠 消息传递编程模型 退火算法 降温因子 能量结构

作者: 彭丰斌 张慧玲 魏彦杰 冯圣中 殷志祥

作者单位: 安徽理工大学,安徽 淮南 232001;中国科学院深圳先进技术研究院 高性能计算研究中心,广东 深圳 518055 中国科学院深圳先进技术研究院 高性能计算研究中心,广东 深圳 518055 安徽理工大学,安徽 淮南 232001

会议类型: 国内会议

会议名称: 第三届中国科学院超级计算机应用大会

会议地点: 合肥

会议语种:中文

页码: 26-34

在线出版日期: 2013-08-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）