特有植物短丝木犀转录组微卫星特征分析
利用MISA软件对短丝木犀花和叶芽转录组测序得到的92798条unigenes进行SSR位点查找和分析,共搜索到11881个SSR位点,除单碱基重复外,SSR出现频率为4.64％,分布密度为1/15.02kb.二碱基和三碱基重复为短丝木犀SSR主要重复单元类型,分布占SSR总数的66.35％和30.42％.其中AG/CT和AAG/CTT分别为二碱基和三碱基重复单元的优势重复基元,分别占各自重复单元的63.21％、30.38％.短丝木犀SSR多为重复长度小于20bp的短序列,长度大于20bp的SSR仅占总数的13.47％.同时发现短丝木犀SSR的频率和长度呈显著负相关(P＜0.01),相关系数为-0.408.另外,设计筛选得到2435对SSR引物.短丝木犀转录组SSR位点出现频率高,类型丰富、多态性潜能较高.
短丝木犀 转录组测序 微卫星特征 简单序列重复分子标记
陈林 李龙娜 杨国栋 戴亚平
南京林业大学南方现代林业协同创新中心,江苏 南京 210037;南京林业大学生物与环境学院,江苏 南京 210037 南京农业大学农业生物学虚拟仿真实验教学中心,江苏 南京 210095
国内会议
南宁
中文
116-123
2015-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）