高通量测序数据中家蚕环形RNA的筛选与鉴定

摘要：

基于环行RNA的结构特征和形成特点，开发了一个环行RNA预测软件，该软件可以从去除rRNA的总RNA高通量测序数据中预测环形RNA的存在。利用该预测软件分析家蚕数据库中去核糖体总RNA高通量测序数据，预测了300多个家蚕体内可能存在的环形RNA基因片段，这些潜在的环行RNA基因的剪切边界中都符合AG和GU特征，进一步实验验证，对选择的预测环形RNA进行相对引物和相反引物的PCR鉴定，与相应基因组对照的PCR结果进行比较，环行RNA基因的相对和相反引物都能够扩增出预期的目的条带。PCR鉴定阳性的环形RNA进一步进行Northern Blotting鉴定。同时，生物信息学分析表明，这些环行RNA存在大量的家蚕microRNA结合位点。通过实验检测结合生物信息学方法，在家蚕中成功鉴定了大量环形RNA分子，对研究环形RNA分子在家蚕中的基因调控功能打下基础。

关键词： 家蚕 环形核糖核酸 结构鉴定 高通量测序数据

作者: 陈肖 周雍 厉妍昱 郝悦帆 盖威 朱红琳 盛清 吕正兵 聂作明

作者单位: 浙江理工大学生命科学学院,杭州310018

会议类型: 国内会议

会议名称: 华东六省一市生物化学与分子生物学学会2014年学术交流大会暨浙江省第十一届学会会员代表大会

会议地点: 浙江温州

会议语种:中文

页码: 47-47

在线出版日期: 2014-10-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）