进化分支节点距离法结合基因获得丢失检测大规模物种基因水平转移
基因水平转移(horizontal gene transfer,HGT),又称基因横向转移(lateral gene transfer,LGT),是指在差异生物个体之间,或单个细胞内部细胞器之间所进行的遗传物质的交流.差异生物个体可以是同种但含有不同的遗传信息的生物个体,也可以是远缘的,甚至没有亲缘关系的生物个体.基因水平转移是相对于基因垂直转移(亲代传递给子代)而提出的,它打破了亲缘关系的界限,使基因流动的可能变得更为复杂.细菌作为地球上存在时间最久且分布最广的一类生物,其进化历史一直在学术界备受争议.最近几年,随着分子生物学技术的发展,动植物病原菌的毒力以及大量耐抗生素的抗性基因的发现,主流的观点已经认为基因的水平转移是细菌进化的最主要动力.开发了一个新的方法用于检测不同物种间基因的水平转移，通过比较基因的进化树与物种的进化树，分析进化分支节点的变化，并利用bootstrap抽样方法确定水平转移基因变化的阈值，最终确定水平转移的基因以及其供体和受体物种。新的方法不仅能快速的分析大量多物种的基因进化树同时也考虑到了不同进化树构建方法带来的差异，在进行确定水平转移基因时过滤不同进化树构建方法存在较大差异的物种基因。
生物物种 基因水平转移 进化分支节点距离法 基因获得丢失检测
朱勃 金谷雷 徐铭杨 楼妙苗 谢关林
浙江大学生物技术研究所水稻生物学国家重点实验室,杭州310029 浙江大学生物信息研究所,杭州310029
国内会议
厦门
中文
258-258
2010-07-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）