面向多核平台的拷贝数变异检测方法及并行算法研究
针对肿瘤细胞测序数据的基因拷贝数变异检测是研究癌症相关基因变异的重要手段.高通量测序技术的迅速发展产生的海量测序数据,一方面推动了基因拷贝数变异检测算法的发展,另一方面带来了数据处理与存储等计算问题的挑战.本文提出了一种新的面向多核平台的基因拷贝数变异检测的并行算法,设计了一种基于序列数目等量的窗口划分与合并策略,并通过将计算过程划分为多个计算BIC值的计算任务实现了程序的并行化,在此基础上,通过构建索引表和贪婪合并等优化策略进一步提高了程序的并行计算效率.实验结果表明,本文提出的算法能够有效的提高基因拷贝数变异检测的精度,在8核CPU平台上获得了相对串行程序6.74倍的加速比.
肿瘤细胞 测序数据 基因拷贝数变异检测 并行算法 多核平台
刘绍颉 朱小谦 邹丹 陈钢 彭绍亮
国防科技大学计算机学院,长沙 410083 深圳华大基因研究院,深圳 518083
国内会议
广州
中文
611-617
2014-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）