基于Illumina技术的梭鲈转录组测序分析及微卫星分子标记的开发
利用Illumina第二代高通量测序平台对梭鲈(Lucioperca lucioperca)进行转录组测序,测序共获得4.83Gbp的高质量clean reads,经拼接组装后得到56 746条transcripts,平均长度为1474.28 bp.41,519条(73.17％)序列与Nr数据库有同源性,其中分别有18 576条和23 566条成功进行GO注释和COG注释,KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析显示共12 081条注释到322条代谢通路.在梭鲈11个组织构建的cDNA文库中,共检测到≥10 bp的微卫星16 368个,平均每5.11 kb就有一个微卫星,对检测到的微卫星进行了类型和特征分析,并对其进行引物设计,成功设计引物7 428对.该研究表明Illumina双端测序是一种非模式生物基因发掘和分子标记开发的快速高效的方法.本研究将很大程度上增加梭鲈的微卫星分子标记资源,并为梭鲈的遗传多样性数量性状定位和分子辅助育种等研究奠定基础.
梭鲈 转录组 微卫星分子标记 产品开发 双端测序技术
韩晓飞 凌去非 李彩娟 王国成 许郑超
苏州大学水产研究所,江苏 苏州 215123
国内会议
苏州
中文
70-76
2014-10-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）