甘蔗(Saccharum spp.)EST-SSR标记的开发和多样性分析
运用生物信息学分析方法对甘蔗(Saccharum spp.)的282,809条表达序列标签(ESTs)进行分析,共获得Unigene 138,590条,发掘出分布于10,086条Unigene的10,505个微卫星(EST-SSR)位点,SSR发生频率为7.26％,平均9.22kb出现1个SSR.在7个杂交甘蔗品种中,三核苷酸基元的SSR数量最多(74.95个/Mb),其次为二核苷酸基元的SSR(22.95个/Mb),两者占总数的90.27％.以CCG/CGG、AG/CT为重复基元的SSR是最常见的EST-SSR类型,富含G/C的EST-SSR占据极明显的优势.与拟南芥和水稻cDNA序列内SSR的比较表明富含G/C的SSR可能是禾本科植物SSR的一个共同特点.研究发现,SSR在EST与基因组序列之间以及在不同甘蔗品种之间的分布存在差别,具有丰富的多样性.此外,从EST数据分析获得杂交甘蔗品种的16个保守基因,从中发掘了9个SSR位点.最后,利用Primer3和e-PCR软件设计了一批具有物种特异性和通用性的EST-SSR PCR引物,相关数据可以通过http://59.50.66.67/SSR/sugarcane/sugarcane.EST-SSR.tgz链接从因特网下载.研究结果可为开展甘蔗遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子辅助育种提供参考.
甘蔗 品种鉴定 表达序列标签 分子标记 多样性分析 生物信息学分析方法
黄启星 张雨良 王俊刚 伍苏然 张树珍 郭安平
中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海南海口 571101;农业部热带作物生物学与遗传资源利用重点实验室,海南海口 571101
国内会议
海口
中文
82-95
2014-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）