基于第二代高通量测序的微卫星(SSR)挖掘与标记开发-以杉木为例
第二代高通量测序技术的发展与广泛应用为大规模微卫星标记开发带来了新机遇.但利用新方法开发微卫星标记过程中,海量短序列的拼接与规模化多态性位点选择是研究者面临的主要挑战.本文以杉木(Cunninghamia lanceolata)转录组测序数据为例,就高通量测序数据开发SSR标记过程中的序列拼接、SSR批量挖掘、多态性位点检测等共性问题进行探讨.杉木转录组序列拼接得到35,633个contigs,平均长度884bp,其中共有2156个SSR位点,分布于1822个contigs,SSR平均分布密度为68.4个/Mb.不同SSR重复单元中,3核苷酸SSR重复类型数量最多,有900个,占总数的41.7％,其次为6核苷酸重复单元类型(29.8％)和5核苷酸重复类型(12.7％),2核苷酸重复类型有239个，占SSR总数的11.1％.利用重复单元长度判断法合成35个位点引物,多态性位点比率达到了80％.文中所提出的杉木转录组测序数据开发EST-SSR技术流程和方法,对其他非模式物种SSR标记开发具有重要的参考作用。
微卫星标记 第二代高通量测序技术 多态性位点 杉木 分子遗传学
文亚峰 韩文军 徐刚标
中南林业科技大学,长沙,410004
国内会议
长沙
中文
570-575
2013-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）