转多基因库安托杨转录组测序及相关基因表达分析
采用Illumina HiSeq 2000高通量测序技术,对正常生长环境下,转抗逆多基因(D5-20)及非转基因(D5-0)库安托杨(Populus ×euramericana”Guariento”)进行转录组测序,获得63430901个测序序列,平均长度为200bp,约11.80Gb测序数据.将处理后测序序列与参考基因组序列及毛果杨(Populus trichocarpa)参考基因组数据库进行比对,平均有46.12％的测序序列可以与参考基因组匹配;剩余不匹配序列利用可变剪接分割后与参考基因组比对,总计约有62.30％的测序序列能与参考基因组匹配.分别获得基因11352条(D5-20)和11372条(D5-0).在两样品中共同表达12596个基因中,经基因差异表达分析显示,有782个基因显著性差异表达.其中显著上调表达基因有628个,显著下调表达基因有154个.经Gene Ontology数据库分析显示,506个显著差异表达基因主要涉及61个生物功能,经KEGG数据库注释发现有69个显著差异表达基因(上调表达基因40个,下调表达基因29个)富集在52个生物学通路中,其中11个生物学通路与糖代谢相关;经KOG功能分类发现,728个显著差异表达基因富集在23类KOG功能中.通过在SwissProt和Uniport非冗余蛋白质数据库进行同源蛋白比对和注释分析,发现730个显著差异表达基因被注释到同源蛋白,确定492个显著差异表达基因/蛋白候选名称,从中筛选出197个抗逆境胁迫(生物和非生物)相关基因/蛋白.说明外源基因的导入引起了一些逆境胁迫响应相关基因的差异表达,它们即分布在不同的代谢途径中又存在一定交叉,这为探讨外源基因在转基因植株内的作用机制提供一定理论基础.同时还发现一些非预期性状基因的到差异表达,说明多个外源基因的导入可能会引起一些非预期性状改良,如养分利用效率等,但其结果还需要进一步观察和验证.
库安托杨 转录组测序 基因表达 性状改良
张伟溪 褚延广 丁昌俊 张冰玉 黄秦军 胡赞民 黄荣峰 田颖川 苏晓华
国家林业局林木培育重点实验室,中国林业科学研究院林业研究所 北京10091 林木遗传育种国家重点实验室,中国林业科学研究院林业研究所 北京10091;国家林业局林木培育重点实验室,中国林业科学研究院林业研究所 北京10091 中国科学院遗传与发育生物学研究所 北京100101 中国农业科学院生物技术研究所 北京100081 中国科学院微生物研究所 北京100080
国内会议
长沙
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433-441
2013-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）