用于生物分子网络比对的自适应匈牙利贪心混合算法的并行化

摘要：

生物分子网络比对是生物信息学中一个重要领域,是研究生物现象和生命机理的有效手段,而自适应匈牙利贪心混合算法(AHGA)是其中一个有效的生物分子网络比对算法.但是生物分子网络数据的规模都比较大,而且由于其拥有生物背景,生物分子网络数据具有一些特殊性.为了能够在可以接受的时间范围内获得大规模生物分子网络的比对结果,使用MPI和统一计算架构(CUDA)对自适应混合算法进行了并行化,在比对中充分考虑生物分子网络的生物学意义,对两种方式进行了对比分析,以寻找更合适生物分子网络的比对方法.

关键词： 自适应匈牙利贪心混合算法 并行处理 性能测试 生物分子网络

作者: 马进 谢江 戴东波 谭军 张武

作者单位: 上海大学 计算机工程与科学学院,上海 200044 上海大学 计算机工程与科学学院,上海 200044;上海大学 高性能计算中心,上海 200044

会议类型: 国内会议

会议名称: 2013年全国开放式分布与并行计算学术年会

会议地点: 昆明

会议语种:中文

页码: 3321-3325

在线出版日期: 2013-08-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）