丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发

摘要：

本研究采用生物信息学方法，从丹参基因组框架图序列中发掘出4832个长度超过40bp的基因组SSR位点。结果表明，二核营酸重复基元和三核营酸重复基元是构成丹参基因组SSR位点的主要类型，分别占全部SSR位点总数的37.3％和61.3％。此外，富含A/T碱基的SSR位点，包括AT/TA,AAT/ATT,ATA/TAT,TAA/TTA，分别占全部SSR位点总数的30.5％，21.6％，17.1％，20.4％，在数量上明显高于其他类型。以基因组SSR位点为基础，共设计基因组SSR引物序列1079对。这些引物可用于基因组多样性分析、遗传图谱构建、分子标记筛选等工作，为后期丹参群体遗传学与基因组学研究奠定基础。

关键词： 丹参 基因序列 生物信息学 遗传分析

作者: 徐海滨 钱俊 汪波 孙超 谢丽芳 宋经元

作者单位: 中国医学科学院药用植物研究所,北京 100193 中国医学科学院高性能计算平台,北京 100730

会议类型: 国内会议

会议名称: 2013全国中药与天然药物高峰论坛暨第十三届全国中药和天然药物学术研讨会

会议地点: 杭州

会议语种:中文

页码: 12-12

在线出版日期: 2013-06-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）