基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现

高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是存储DNA数据被广泛使用的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效的节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行,能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.本文基于Pthreads,并行了DSRC算法,测试结果表明,当使用4线程,加速比达到3.5.
脱氧核糖核酸序列 并行算法 数据压缩 加速比
詹科 张云泉 王婷 郑晶晶 张鹏
中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190 中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190;中国科学院计算技术研究所,计算机体系结构国家重点实验室,北京,100190 中国科学院计算技术研究所,计算机体系结构国家重点实验室,北京,100190;广州中国科学院软件应用技术研究所,广州,511458
国内会议
桂林
中文
782-786
2013-10-29(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)