基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现

摘要：

高通量测序仪产生大量的DNA数据,FASTQ是存储DNA数据被广泛使用的数据格式.对FASTQ格式的数据进行压缩处理,能有效的节省存储空间.DSRC算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC算法进行并行,能提高压缩FASTQ格式的DNA数据的效率.本文基于Pthreads,并行了DSRC算法,测试结果表明,当使用4线程,加速比达到3.5.

关键词： 脱氧核糖核酸序列 并行算法 数据压缩 加速比

作者: 詹科 张云泉 王婷 郑晶晶 张鹏

作者单位: 中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190 中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190;中国科学院计算技术研究所,计算机体系结构国家重点实验室,北京,100190 中国科学院计算技术研究所,计算机体系结构国家重点实验室,北京,100190;广州中国科学院软件应用技术研究所,广州,511458

会议类型: 国内会议

会议名称: 2013全国高性能计算学术年会

会议地点: 桂林

会议语种:中文

页码: 782-786

在线出版日期: 2013-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）