大规模粒子团簇识别分析

摘要：

团簇识别是分子动力学数值模拟数据后处理团簇分析中的一个共性问题.本文面向JASMIN粒子数值模拟程序输出的可视化数据,设计实现了团簇识别并行算法与团簇分析并行工具.工具提供了三种并行模式:时间维并行、空间维并行、时空维混合并行.使用基于PIC网格加速的广度优先搜索算法,通过虚拟网格片索引直接在多网格片数据上实现团簇识别.团簇分析并行算法应用在千万粒子规模的实际数值模拟数据时可线性扩展到64个处理器.

关键词： 分子动力学模拟程序 可视化数据 团簇识别 数值模拟

作者: 沈卫超 曹立强 夏芳

作者单位: 中物院复杂电磁环境实验室,绵阳621900;北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心,北京100088 北京应用物理与计算数学研究所高性能计算中心,北京100088

会议类型: 国内会议

会议名称: 2013全国高性能计算学术年会

会议地点: 桂林

会议语种:中文

页码: 245-250

在线出版日期: 2013-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）