蛋白质原子运动轨迹生成改进算法

摘要：

传统实现蛋白质分子动态模拟均采用采样方式生成原子运动轨迹.较大的采样间距使原本光滑的轨迹由于时域影响变得凹凸,而小的采样间距使运动缓慢且难以辨别.为解决上述问题,提出一种基于主元分析的运动轨迹生成算法.在参考坐标系内采集所有原子位置数据,计算并构造位置差的协方差矩阵,选择主元构成新基作为投影向量,确定兴趣运动点.以PYP为例,实验验证,通过提出的算法仿真PYP运动平滑而又凸显重点.

关键词： 蛋白质分子 运动轨迹生成算法 主元分析 动态模拟

作者: 张萍 申闫春

作者单位: 北京信息科技大学计算机学院,北京100192

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国计算机用户协会仿真应用分会成立三十周年庆祝大会暨2013全国仿真技术学术会议

会议地点: 呼和浩特

会议语种:中文

页码: 398-401

在线出版日期: 2013-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）