云南野生中华猕猴桃PGIP基因的克隆与分析
猕猴桃作为20世纪野生果树人工驯化栽培最有成就的四大果树树种之一.由于其风味独特,营养丰富,维生素C含量高,经济、营养价值高和医疗效果好而倍受青睐.我国是猕猴桃主要生产国之一,有着极为丰富的种质资源.多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白(PGIP)是存在于多种植物细胞壁中的一种糖蛋白,它能专一性识别真菌多聚半乳糖醛酸酶并抑制其活性,在一定程度上抑制真菌对植物细胞壁的降解.该蛋白在植物抵制真菌病害的发生中发挥着重要作用.本研究利用RT-PCR技术克隆到了云南野生中华猕猴桃(Actinidia chinensis Planch)的PGIP基因,核酸序列分析结果表明：所得的PGIP基因996bp为一个完整的开放阅读框,编码332个氨基酸.经ProtParam tool软件分析结果表明：该蛋白的分子量为37kDa；理论等电点pI8.95；总共包括5194个原子；分子式为：C1659H2608N434O481S12；在组成该蛋白的20种氨基酸中,亮氨酸(L)所占比例最高,达到15.1％,而谷氨酸(E)多占比例最低,为0.3％,该蛋白的不稳定指数为28.44；脂肪指数为98.64；该蛋白为稳定蛋白.经SignalP 4.0软件预测,该PGIP蛋白的N端具信号肽结构,表明该蛋白为分泌蛋白,含有25个氨基酸组成的N端信号肽,断裂位点位于第26个氨基酸与第28个氨基酸之间.经TargetP 1.1 Server – prediction软件分析结果表明：SP分值最高0.556,预测为定位信号肽；“Loc”基于上面分析预测的可能定位为S 分泌通路即分泌到细胞周质.RC可靠级别为3级 0.600＞diff＞0.400；TPlen预测剪切位点序列长度为25个氨基酸.用TMHMM软件分析结果表明：该蛋白的332个氨基酸均位于膜表面.该蛋白没有跨膜结构.蛋白质分子的基本特性之一是,亲水的极性部分在分子的表面,而疏水的非极性部分在分子内部.运用ProtScale和BioEdit软件进行分析结果表明：该蛋白大约在15-20位氨基酸之间还有一个典型的疏水性区域； 25-30位氨基酸之间有个明显的疏水性区域.运用NCBI在线分析软件分析,结果表明：该PGIP基因片段含有一个cl08472超家族结构域,该结构N末端富含亮氨酸重复结构域,往往是两侧的半胱氨酸丰富域,这是典型的植物抗病基因特征结构.利用PSIPRED软件分析结果表明：PGIP基因部分肽段存在一个α-螺旋和卷曲螺旋区域,若干个β-折叠片区.α-螺旋和卷曲螺旋是PGIP基因部分肽段主要组成.通过SWISS-MODEL同源建模预测分析,预测到了其三维结构,该区域含有一个明显的Rossman折叠,其中α-螺旋处于β-折叠片上侧.该蛋白由31.02％的α-螺旋,48.49％的随机卷曲,3.61％的β-转角和16.87％的β-折叠组成.与NCBI中的同源核苷酸序列比对分析结果表明：该片段与其它植物中的PGIP有很高的同源性,和美味猕猴桃最高达99％,在亲缘关系上与美洲李,越桔灌蓝莓和葡萄PGIP基因同源性分别为96％,78％,72％.
中华猕猴桃 PGIP 克隆 分析
张汉尧 于瑶 刘小珍
西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室 云南昆明 650224
国内会议
南京
中文
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2012-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）