油茶454序列中的微卫星观察与分析
采用MISA软件挖掘普通油茶、浙江红山茶和短柱茶三油茶物种的454测序得到的基因组及转录组序列中的微卫星信息.结果显示,微卫星出现频率大小依次为短柱茶EST(0.056)＞浙江红山茶EST(0.055)＞普通油茶EST(0.047)＞普通油茶基因组序列(0.031)；在检索的2～6核苷酸重复基元中,以二核苷酸类型最多,二核苷酸重复基元类型中以(AG)n类型为最多,而(AC)n相对稀少,但三核苷酸重复基元在转录组序列中以(AAG)n类型最多,在基因组序列中则以(AAT)n最多；除六核苷酸重复微卫星外,其他4种微卫星均表现为不同微卫星重复基元的丰度随着重复基元的长度增加而减少.在转录组序列中,除六核苷酸微卫星之外,不同基元重复数的变化与重复基元长度(2～5bp)成负相关,推测五核苷酸微卫星理论多态性最低,而二核苷酸微卫星理论多态性最高；对在Unigene中的微卫星分布情况进行统计,显示分布比例依次为3′UTR ＞CDS＞5′UTR,在UTR区域中二核苷酸微卫星占总数量比例最大,但CDS区域内三核苷酸微卫星的比例最高,5′UTR区域的三核苷酸微卫星的分布均高于3′UTR,显示5′UTR区域的微卫星相对3′UTR要保守些.
油茶 454序列 微卫星 频率 长度变异 分布
温强 顾胤聪 王建文 徐林初 黄敏仁 徐立安
江西省林科院省植物生物技术重点实验室,江西南昌,330032 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,江苏南京,210037
国内会议
南京
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1-13
2012-09-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）