栉孔扇贝fosmid文库的构建及基因组结构特征分析
栉孔扇贝(Chlamys farreri)是我国北方最重要的海水经济养殖贝类之一,在海水养殖产业中占有极其重要的地位.本文构建了第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133,851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍.fosmid克隆的稳定性检测实验表明栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排.所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间.由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究. 随机挑取2,016个克隆进行双末端测序,获得3,646条序列.序列总长2,286,986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰.结果共得到2,500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1,816条,卫星序列313条,分别占串联重复序列总数的14.84％,72.64％,12.52％.共得到317条散布重复序列,总长97,412 bp,占测序总长的4.26％.查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA转座子、LTR反转座子、LINE反转座子和滚环转座子.其中LINE反转座子的数目最多,其次是LTR反转座子,DNA转座子和滚环转座子.由此可见,栉孔扇贝基因组中反转座子所占比例要远高于DNA转座子.最后,BLAST比对结果表明在3,646条序列中,有1,383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E＜e-5),占测序总数的37.93％.BLASTN比对有明显相似性的1,036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条.BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52％.
栉孔扇贝 基因文库 构建模式 序列分析
程洁 张玲玲 黄晓婷 张灿 王师 胡景杰 包振民
中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传学与种质工程实验室,山东青岛266003
国内会议
青岛
中文
41-53
2007-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）