基于硬件加速的生物序列比对研究综述

摘要：

　　生物序列比对是生物信息学领域重要的研究工具，主要用于确定序列的生物属性。由于该领域应用的广泛性、计算的复杂性以及海量数据特征，对计算机性能提出越来越高的高求，迫切需要高性能计算的支持。对基于硬件加速的生物序列比对进行综述，侧重从高性能计算对序列比对领域的影响及挑战的角度，按照比对时所使用的体系结构的区别，对目前基于硬件加速的序列比对方法进行了归类；分别对各类方法作了深入的对比分析并总结出技术难点；最后，经过对现有研究工作的分析，对该领域存在的问题作出了总结，展望了今后的发展方向。

关键词： 生物信息 序列比对 硬件加速 高性能计算

作者: Zhu Xiangyuan 朱香元 Li Renfa 李仁发

作者单位: Education Technology and Computer Center,Zhaoqing University,Zhaoqing 526061,China;College of Inform 肇庆学院 教育技术与计算机中心,广东 肇庆 526061;湖南大学 信息科学与工程学院,湖南 长沙 410082 College of Information Science and Engineering,Hunan University,Changsha 410082,China 湖南大学 信息科学与工程学院,湖南 长沙 410082

会议类型: 国内会议

会议名称: 2012全国高性能计算学术年会

会议地点: 张家界

会议语种:中文

页码: 1-8

在线出版日期: 2012-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）