利用比较基因组学解析工业菌株中阿维菌素的高产机制
为更好地研究高产工业菌株9-39中阿维菌素的高产机制，从基因组水平解析阿维菌素高产性状相关的关键基因，对其进行了全基因组序列的精细测定，在该工业菌株的基因组上发现了3个大片段缺失、463个SNP和35个InDel位点，为通过比较基因组研究揭示阿维菌素高产机制奠定了基础。菌株9-39的基因组共计约9,767,982 by(平均GC含量为70.7％)，编码8,148个可能的开放阅读框(ORF)。与ATCC31267基因组的比较分析发现，菌株9-39的基因组上core genome区域(oriC附近的6.5 Mb左右)相对保守，该区域包含绝大多数的必需基因，而左末端约1 Mb左右的亚端粒区域，在基因组的右末端同时存在一个反向重复的拷贝。在高产菌株左末端435 Kb的大片段缺失经实验验证表明对阿维菌素产量有促进作用，而菌株特有的大片段ST16(154 Kb)和ST27(202 Kb)对于阿维菌素产量也具有一定的促进作用。
阿维菌素 工业菌株 高产机制 比较基因组学 精细测定
卓英 王琪 谢峰 陈金松 贾晓鹏 唐标 白超炫 高弘 刘梅 郑华军 孙际宾 赵国屏 张立新
中国科学院微生物研究所,北京100190 中国科学院微生物研究所,北京100190;中国科学院研究生院,北京100049 复旦大学生命科学与生物医学研究院微生物系,上海200433 国家人类基因组南方研究中心,上海201203 中国科学院天津工业生物技术研究院,天津300308 复旦大学生命科学与生物医学研究院微生物系,上海200433;国家人类基因组南方研究中心,上海201203
国内会议
济南
中文
6-6
2012-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）