NWCHEM软件在生物体系中的应用

摘要：

　　生物体系结构和功能比较复杂，对其进行简单的振动柔性分析，研究构象变化以及原子分子之间相互作用势的精确度问题等都非常费时费力。我们可以将研究体系分割成合适的小片段后，使用量子化学程序进行精确计算，再采用MFCC结合REMD技术来研究生物体系精确作用问题。本文使用NWCHEM软件计算不同规模大小的“多肽”体系在深腾7 000的不同架构节点上随处理器核数的加速效率，以确定大生物体系分割研究片段的大小和计算采取的处理器核数，并以此分析NWCHEM软件在生物体系研究中的适用性。

关键词： 软件工程 并行计算 生物体系 量子化学程序

作者: Zhang Baohua 张宝花 Li Guohui 李国辉 Wei Fan 魏帆 Liu Qian 刘倩 Jin Zhong 金钟 Chi Xuebin 迟学斌

作者单位: Super Computing Center, Computer Network Information Center, Chinese Academy of Science, Beijing 100 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京 100190 State-Key Lab.of Molecular Reaction Dynamics, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy 中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室,大连 116023

会议类型: 国内会议

会议名称: 首届中国科学院超级计算应用大会(SCA2011)

会议地点: 青岛

会议语种:中文

页码: 113-119

在线出版日期: 2011-11-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）