EGF干预人羊膜间充质干细胞差异表达基因及基因功能富集分析
目的 研究EGF干预人羊膜间充质干细胞前后的基因表达差异,在基因水平上探讨EGF作用的分子生物学机制.方法 无菌条件下取孕期38～40周的人羊膜,胰酶胶原酶消化法分离人羊膜间充质干细胞,待细胞传至P1代后更换无血清培养液；取4-6代细胞提取总RNA,用高通量Illumina测序RNA-Seq表达谱分析技术,对体外培养的用EGF干预人羊膜间充质干细胞,对干预前后mRNA进行测序,筛选差异表达基因并进行数字基因表达谱分析、聚类分析、Gene Ontology功能显著性富集分析、Pathway显著性富集分析和蛋白互作网络分析；采用qRT-PCR检测对上述结果进行验证.结果 与人类基因组数据库(Hg18)进行比对,比较人羊膜间充质干细胞和EGF干预人羊膜间充质干细胞差异表达,发现差异表达基因104个,其中上调已知基因56个；下调已知基因48个.RNA-Seq的KEGG pathways的显著性富集分析,细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路为差异表达基因中显著富集的pathways(q≤0.05).该通路共涉及9个差异表达基因,其中上调差异表达基因7个(BMP2,CXCL3,IL1B,IL8,TNFRSF9,CCL2,CCL7),下调差异表达基因2个(INHBE,IFNE).经qRT-PCR检测验证获得证实.结论 EGF干预人羊膜间充质干细胞前后存在多组基因表达差异.细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路在启动人在羊膜间充质干细胞增殖和迁移过程中起着调节作用,有望成为促进羊膜间充质干细胞增殖和迁移的靶通路,对其应用于促进创面愈合具有指导意义.
施萍 李彩虹 张殿宝 刘晓玉 张涛 庞希宁
中国医科大学附属第一医院全科医学教研室,辽宁沈阳110001 教育部医学细胞生物学重点实验室,卫生部细胞生物学重点实验室,中国医科大学干细胞与再生医学研究室,辽宁沈阳,110001
国内会议
广州
中文
355-356
2012-08-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）