基于454FLX高通量技术的菊花叶绿体全基因组测序研究
叶绿体基因组在植物物种鉴定、DNA条形码筛选、系统进化分析以及叶绿体基因工程等领域应用前景广阔.本文应用454FLX高通量测序技术对菊花进行了叶绿体全基因组测序,并解析了其基因组结构.生物信息学分析表明,参与菊花序列拼接的有效contig数为10个,测序覆盖度达到99.99％,平均覆盖倍数为58倍.菊花叶绿体基因组全长为151033bp,两个反向互补重复区(IRs)长度为24953bp,被分隔的大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为82782bp和18345bp,总GC含量为37.48％.成功注释叶绿体基因129个,其中蛋白编码基因85个,tRNA36个,rRNA8个.分布在IR区的基因有17个.菊花叶绿体基因组序列的获得和结构解析,为菊花良种培育、菊属植物DNA条形码筛选、菊花药材道地性研究以及叶绿体基因工程等奠定了基础.
菊花 叶绿体基因组 注释 焦磷酸测序
胡志刚 李西文 高欢欢 林小涵 李卿 吴和珍
湖北中医药大学 药学院,湖北 武汉,430065;中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所,北京,100193;中国中医科学院 中药研究所,北京,100700 中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所,北京,100193 湖北中医药大学 药学院,湖北 武汉,430065;中国医学科学院 北京协和医学院 药用植物研究所,北京,100193 湖北中医药大学 药学院,湖北 武汉,430065
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2012-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）