一株产尿苷肽类抗生素sansanmycin的链霉菌Streptomyces sp.SS基因组草图

摘要：

　　本研究利用深圳华大基因研究院的illumina/Hiseq 2000测序平台对Streptomyces sp.SS进行测序，得到838 Mb原始数据，基因组覆盖度达到100倍。运用SOAP de novo软件对这些原始数据进行组装，获得Streptomyces sp.SS基因组序列8,119,746bp, GC含量为72.41，分布在69个scaffolds上(87个contigs)。采用Glimmer 3.0基因预测软件对组装结果进行基因de novo预测，得到可能的开放阅读框7,632个，基因总长度为7,211,148bp，基因占基因组的百分比为88.77％。基因功能的注释是基于对KEGG,COG,Swiss-Port,NT及NR蛋白数据库的BLASTP比对结果。Streptomyces sp.SS的基因组草图序列已提交GenBank。

关键词： 尿苷肽类抗生素 链霉菌 基因组草图

作者: 李青连 王丽 解云英 陈汝贤 洪斌

作者单位: 中国医学科学院医药生物技术研究所卫生部抗生素生物工程重点实验室

会议类型: 国内会议

会议名称: 第四届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运行服务研讨会

会议地点: 成都

会议语种:中文

页码: 112-112

在线出版日期: 2012-11-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）