不同的同源基因序列比较对分枝杆菌菌种鉴定的价值分析
目的 比较目前最为常用的用于分枝杆菌菌种鉴定的4个同源基因16s rRNA编码基因、16s-23srRNA间区(ITS)、hsp65和rpoB基因对于鉴定不同种分枝杆菌的价值.方法 选取54种分枝杆菌标准株和来自北京胸科医院临床分离的非结核分枝杆菌300株.所有菌株提取DNA后,平行进行16s rRNA编码基因、ITS、hsp65和rpoB基因的PCR扩增,之后进行基因序列测定,并将序列结果输入美国ncbi.nlm.nih.gov的Blast网站进行序列比较分析.结果 16s rRNA编码基因无法区分鸟分枝杆菌与胞内分枝杆菌,龟分枝杆菌与脓肿分枝杆菌,胃分枝杆菌与堪萨斯分枝杆菌,海分枝杆菌与溃疡分枝杆菌.增加16s-23srRNA间区、hsp65和rpoB基因中的任一基因的序列分析用于菌种鉴定,能够提高16s rRNA编码基因的分辨率.各同源性基因的种间序列相似度为89％-100％,种内序列相似度为97％-100％.所测定的300株非结核分枝杆菌临床分离株中,排名前五位的NTM非别为:胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、偶然分枝杆菌和鸟分枝杆菌.结论 16s rRNA编码基因虽然鉴别能力相对较低,但由于目前其相关数据库最为完整,所以对于临床少见的非结核分枝杆菌的鉴别意义较大；ITS、hsp65和rpoB基因鉴别能力相对较高,建议至少选择其中任意一个基因与16s rRNA编码基因平行使用,以提高菌种坚定的分辨能力；在序列比较过程中对于种内相似度较低的情况,应该增加检测基因的数量,以期提高分辨率,发现新的种或亚种.
黄海荣 刘冠 段鸿飞 梁倩 尚媛媛
北京市结核病胸部肿瘤研究所/首都医科大学附属北京胸科医院
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2012-10-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）