基于堆积能量和协变信息的RNA二级结构预测算法

摘要：

预测含伪结的RNA二级结构是生物信息学研究中的热点和难点问题.本文提出一种基于堆积能量和协变信息的含伪结RNA二级结构预测算法.该方法以堆积能量和协变信息得分作为茎区得分函数,每次迭代得到得分最优的茎区,在初始序列中将茎区中的碱基标识出来使其不参与以后的迭代,通过多次迭代计算出茎区集,从而得到RNA二级结构.算法能够预测伪结,时间复杂度为O(n2).实验表明,算法具有平均76％的正确率.

关键词： RNA secondary structure prediction pseudoknots covariance stacking energy

作者: 苏光龙 黄旭慧 丁凡 蒋晓舟 骆志刚

作者单位: 国防科学技术大学计算机学院,长沙,410073

会议类型: 国内会议

会议名称: 中国通信学会第六届学术年会

会议地点: 深圳

会议语种:中文

页码: 128-132

在线出版日期: 2009-11-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）