用平均场理论计算ssDNA的驻留长度与单碱基长度
本文利用基于蠕虫状链模型的平均场理论(MFT )预测单链DNA (ssDNA)末端单体的均方位移(MSD ),着重关注两个重要参数--驻留长度lp与单碱基长度ld.计算过程初始,将两个参数均设为自由值,使它们在理论数据与实验数据(Phys Rev Lett 92(4)：048303, 2004)的最小化过程中达到优化值.利用基于模拟退火算法的三种优化方法：全局优化、局部优化与选择性优化来进行最优化计算.所有的优化方法最后得到的结果都能很好地预测实验数据.选择性优化结果是：lp=2.223nm,ld=0.676 nm .此结果提示：(1)ssDNA 的驻留长度lp虽然比一些文献值稍大,但仍可确认ssDNA 是一种非常柔顺的聚合物,其刚度比普通聚合物链小；(2)所得到的ld也比已经报道过的、由单分子力学实验得到的值大,而且几乎是双链对应值的一倍长.对于所得到的lp与ld值与一些文献报道作了比较与讨论.
单链DNA 驻留长度 均方位移 平均场理论
池晴佳 蒋稼欢
生物流变科学与技术”教育部重点实验室,重庆大学生物工程学院,重庆400044
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2011-08-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）