基于氨基酸接触势能的蛋白质结构动力学模态分析方法
蛋白质生物功能与结构动力学特征关系密切，从飞秒尺度的共价键局部振动到整个结构的扩散运动，蛋白质结构运动具有十分宽广的振动谱。模态分析方法是目前蛋白质结构动力学研究中最重要的方法之一，该方法利用调和函数逼近平衡态附近的结构势能，并通过势能函数的Hessian矩阵特征值问题求解结构的振动频率和振动模态。常规模态分析方法中氨基酸残基之间作用力与残基类型无关，但是实际氨基酸的带电、疏水、亲水等属性对于相互间作用力起到关键作用。本文基于氨基酸之间平均作用力场接触势能函数，提出了与氨基酸类型相关的作用力模型。该模型能够更加真实表述结构内部的作用力分布情况，使结构振动频率和振动模态分析更加准确，有助于刻画与氨基酸种类有关的局部振动模态。
蛋白质 结构动力学 生物功能 氨基酸 接触势能 模态分析方法
孙卫涛
清华大学周培源应用数学研究中心,北京100084
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2011-08-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）