多GPU节点下的NAMD测试与分析
运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000 G GPU集群的性能。在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上，分别对烟草花病毒(STMV)，血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试。测试结果表明：GPU相较于CPU能获得平均2至8倍性能提升，可为大规模分子的模拟提供高性价比的解决方案。然而，多节点下GPU的利用率却有所降低，其并行扩展性能也受到一定限制。另外，一些重要的分子结构构建的指标，如范德华力静止点的值也在一定程度上影响着模拟性能。
纳米分子动力学 统一计算架构 节点性能分析 图形处理单元 并行计算 非成键作用力
桂叶晨 刘涛 彭蓉 文高进
中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所，广东深圳518055
国内会议
北京
中文
106-109
2011-01-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）