新药研发网格中药物分子的对接方法
建立药物分子优化的粗略和精细对接模型，通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型。粗略对接只考虑配体的柔性信息，将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分，而受体为刚性；精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念，将蛋白质受体划分成若干个残基基团，通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性。一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型，该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法，能够快速而稳定地逼近最优解。将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格，测试结果表明：这些程序能够有效地用于药物分子设计，并具有较高的网格计算效率。
新药研发网格 网格计算 药物分子设计 虚拟筛选 蛋白质柔性
李正夫 康玲 于坤千 王希诚
大连理工大学,计算机科学与技术学院，辽宁大连116024;大连理工大学,工业装备结构分析国家重点实验室，辽宁大连116024 大连理工大学,工业装备结构分析国家重点实验室，辽宁大连116024 中国科学院上海药物研究所，上海201203
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205-208
2011-01-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）