基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

摘要：

　　QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件，很好地应用于定量蛋白质组学。随着实验数据的日益增大，使得定量的计算量巨大，耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力，为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。本文对QuantWiz软件做了深入的研究与分析，找到了软件性能的热点模块所在，提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz，并进行了实现。性能测试显示，在Tesla C1060上，该方案的平均加速比达到了9.66倍，得到了良好的加速效果。同时，该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上，具有良好的可扩展性。

关键词： 非标记定量软件 蛋白质组 并行计算 图形处理单元 性能测试 可扩展性

作者: 费辉 张云泉 王靖

作者单位: 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190 中国科学院研究生院,北 京 100190 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190

会议类型: 国内会议

会议名称: 2011年全国高性能计算学术年会(HPC china2011)

会议地点: 济南

会议语种:中文

页码: 1-6

在线出版日期: 2011-10-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）