新城疫病毒P/V/W基因编码产物功能结构域的分析及定位
NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码三种病毒蛋白P、V和W。为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置，本研究对这三种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行了生物信息学分析。分别设计针对基因II、III、VI和VII型以及class I NDV毒株P基因的引物。RT-PCR获得5种基因型NDV P基因的正确序列。通过核苷酸序列预测P基因表达产物的氨基酸序列，并进行二级结构预测和三级结构模拟。将SV5 V蛋白空间结构作为模板，从而分析获得了NDV P/V/W基因编码产物的二级结构以及部分空间结构。综合各种分析数据，预测P蛋白辅助N蛋白折叠的结构域位于N端前50aa内；介导P蛋白四聚体形成的coiled-coil结构位于221 aa-290 aa范围内；介导P蛋白与基因组的作用的X结构域位于291 aa-392 aa范围内。V蛋白的C端结构域的编码区域位于P蛋白132 aa-239 aa编码区域内。
新城疫病毒 P蛋白 V蛋白 生物信息学 功能结构域
仇旭升 孟春春 于洋 陈鸿军 于圣青 丁铲
中国农业科学院上海兽医研究所,上海 200241 扬州大学农业部畜禽传染病学重点开放实验室,扬州 225009 中国农业科学院上海兽医研究所,上海 200241
国内会议
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1-9
2011-10-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）