类SCC样甲氧西林敏感性金黄色葡萄球菌比较基因组学分析
目的：按照SCCmec分型方法，以SCCmec III型MRSA菌株(85／2082)“特异性”的ORF CZ049(AB037671)序列设计引物并进行SCCmec分型，在MSSA463菌株(命名为类SCC样MSSA菌株)SCCmec III型对应的条带结果呈阳性，提示含有SCC样组分的存在，但mecA基因缺失，本实验拟通过比较基因组学的方法，探索该菌株类SCC样组分的基因组成以及类SCC样MSSA的分子遗传特性。方法：通过Roche454焦磷酸测序方法进行全基因组测序，获得MSSA463菌株的初始基因组数据，以Roche454测序仪自带的GS De Novo Assembler完成序列的初步拼接，通过MSSA476(GenBank：BX571857.1)基因组为参考序列设计补洞引物，延伸完成全基因组精细图绘制。结果：MSSA463菌株基因组大小为2771498bp, G+C含量为32. 4596，共含有2563个预测的开放读码框架(Open Reading Frame, ORFs)，基因编码序列(coding sequences, CDS)占整个基因组的83. 4796，最长编码基因序列为28236bp，平均长度903bp。该类细菌含有与细胞表面纤维素结合蛋白相互作用的fnbB以及fnbA蛋白编码基因，同时含有与幽门螺旋杆菌、霍乱弧菌以及阿米巴原虫感染过程中的级联反应信号系统存在一定相关性的编码基因，包括ureA/urea/ureC, luxSE3.5.3. 1, rocF及arge attL, attR反向重复序列结构在该敏感菌株中依然存在，在该反向重复序列的邻近下游发现85/2082(AB037671)菌株对应的ORFCZ049序列的存在。结论：1.该类细菌含有编码fnbB, fnbA蛋白的基因，其可能通过其对应编码的蛋白产物与细胞表面纤维素结合蛋白相互作用，通过级联反应启动细菌侵入上皮细胞的的过程；2. ureA/urea/ureC,luxSE3.5.3.1, rocF, arg基因的存在提示金黄色葡萄球菌侵袭宿主的机制与幽门螺旋杆菌、霍乱弧菌以及阿米巴原虫感染的级联反应信号系统存在一定的相关性，提示细菌间乃至细菌与真核生物间致病基因水平转移的可能；3. attL, attR反向重复序列结构在敏感菌中可能作为外源性基因插入的位点存在；4. 85/2082 (AB37671)菌株对应的ORF CZ049特异性序列并非存在于attL, attR反向重复序列之中，而是存在于该反向重复序列的邻近下游，提示异质性结构存在的可能。
甲氧西林敏感性 金黄色葡萄球菌 分子遗传特性 基因组学分析 异质性结构
李德志 高占成
北京大学人民医院呼吸与危重症医学科 100044
国内会议
2011中华医学会呼吸病学年会暨第十二次全国呼吸病学学术会议
广州
中文
121-122
2011-09-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）