基于SMP集群的激光化学反应模拟效率分析

摘要：

　　基于半经典分子动力学模型,在SMP 集群中实现激光化学反应双层并行模拟系统。结合粗粒度的原子分解算法和细粒 度的矩阵并行乘法实现激光化学反应模拟中力计算部分的并行化,分析粒度划分对半经典分子动力学模拟并行效率的影响。在 SMP 集群中测试表明,采用128 个处理器模拟由500 个C 原子构成的分子体系,并行效率可达70％。在CPU 数量固定的情况 下,SMP 节点内的细粒度的并行对提高半经典分子动力学模拟并行效率影响较大。该系统能够模拟大分子体系的激光化学反应,在提高加速比的同时保证计算资源的利用效率,满足激光化学反应模拟需求。

关键词： 激光化学反应 半经典分子动力学 SMP 集群 加速比 并行效率

作者: 李鸿健 唐红 豆育升 孙世新

作者单位: 电子科技大学计算机科学与工程学院, 成都 610054;重庆邮电大学计算化学研究所,重庆 400065 重庆邮电大学计算化学研究所,重庆 400065 电子科技大学计算机科学与工程学院,成都 610054

会议类型: 国内会议

会议名称: 2010年全国高性能计算学术年会(HPC china2010)

会议地点: 北京

会议语种:中文

页码: 97-102

在线出版日期: 2010-10-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）