基于GPU的冷冻电镜三维重构软件优化

摘要：

　　冷冻电镜三维重构技术是解析大分子晶体结构、研究生命本质的有力手段.为达到原子级别的分辨率，往往需要处理数十万张图片，因此需要有高性能的计算能力.EmanCUDA 是一款尚处于实验阶段的基于GPU 加速的冷冻电镜三维重构软件，利用了GPU 强大的浮点运算能力和并行处理能力.本论文针对 EmanCUDA 在实际应用中的不足和性能瓶颈，结合GPU的并行体系结构和 CUDA 编程模型，对EmanCUDA的存储管理模型和核心函数进行了优化.测试表明，优化后的EmanCUDA 在加速比、带宽利用率方面取得良好的效果.

关键词： 冷冻电镜三维重构 GPU EmanCUDA 存储管理 CUDA优化

作者: 戴福鑫 李兴建 谭光明

作者单位: 中科院计算所 北京 100080

会议类型: 国内会议

会议名称: 2010年全国高性能计算学术年会(HPC china2010)

会议地点: 北京

会议语种:中文

页码: 205-220

在线出版日期: 2010-10-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）