DNA序列中基于边界索引的LMIR查找算法
DNA序列中的反向重复序列在人类基因研究中具有重要的生物意义，因而成为生物序列分析领域中的一个重要课题。本文根据非精确匹配的反向重复序列的生物结构特征，基于匹配相似程度和模式间隔提出了新的非精确匹配反向重复序列定义LMIR(LargestMatching-degree-based Invened Repcat)，在此基础上设计了一种可用于LMIR查找的索引结构--边界索引(Boundary Index，BI)，并在边界索引上设计了LMIR的查找算法。理论分析和实验结果都表明我们设计的边界索引建立过程和LMIR查找算法具有线性的时间复杂度。
DNA序列 反向重复片段 LMIR 边界索引
赵毅 王国仁 刘晓光
东北大学信息科学与工程学院，辽宁沈阳，110004
国内会议
苏州
中文
884-893
2007-10-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）